Функции учредителя и собственника имущества государственной страховой медицинской компании «Забайкалмедстрах» осуществляют Департамент государственного имущества и земельных отношений Забайкальского края и Министерство финансов Забайкальского края, в ведомственном подчинении которого находится компания.